Мистериозни щамове на коронавируса в канализацията на Ню Йорк

В публикация в Nature Communications екип учени отбелязват, че количеството на новите вирусни линии варира в съответствие с броя на случаите в Ню Йорк. Също като Omicron, и тези мутации показват черти, които им позволяват до известна степен да заобикалят имунитета, придобит чрез ваксинация или преболедувана инфекция. 

„Фактът, че произходът на Omicron все още е неизвестен, но доста от характеристиките на мутацията му са сходни с тези на неизвестните щамове в Ню Йорк, е причина за доста сериозна загриженост, защото при правилна комбинация и новите мутации може да станат силно заразни”, казва Джон Денехи, ръководител на изследването и вирусолог в The Graduate Center в Ню Йоркския университет. 

Обезпокоително е също, че учените не могат да установят откъде идват новите вирусни линии. Те се срещат само в ограничени райони на мегаполиса и изглежда не се разпространяват от квартал в квартал. Може да се свържат с хронично заразени хора или животни, но не е ясно какви.

В много градове отпадъчните води се наблюдават, за да се проследи наличието на SARS-CoV-2, тъй като хората започват да отделят вируса преди да се почувстват болни и да се изследват. Но сравнително на малко места се прави генетично секвениране на вирусния материал, открит в канализацията. 

В Ню Йорк такива генетични изследвания започват още след алфа-варианта и се фокусират около една част от шиповия протеин, който вирусът използва, за да навлезе в клетките. В този протеин е и свързващият рецептор (RBD), който позволява на Omicron да избягва част от антителата, придобити от ваксини или от преминали инфекции. 

Научният екип е анализирал 5000 проби от отпадъчни води от целия свят и учените са открили сходство с Ню Йоркския щам само в 7 от тях, така че логичният извод е, че мутацията се е развила на местна почва.

Въпреки че има няколко хипотези за произхода на новия щам, нито една не отговаря на всички въпроси – сякаш мутацията се е появила от нищото. Това се отнася и за варианта Omicron: смята се, че е еволюирал от делта варианта, но като цяло произходът му е мистерия. 

Учените настояват за целево финасиране и глобални изследвания на отпадните води, тъй като предполагат, че така биха могли да установят механизма, по който възникват новите варианти на SARS-CoV-2 и съответно да допринесат за прогнозите в развитието на пандемията.